イッシュ地方での冒険を終え、デント・アイリスと別れカントー地方に帰還したサトシとピカチュウは、ポケモンマスターになるという夢を追い、デコロラ諸島で知り合ったポケモンルポライターのパンジーと共にカロス地方へとやって来た。
謎のポケモンと新たなライバル、そして新たな仲間。
シトロンとユリーカの兄妹やセレナと旅をするサトシの冒険が再び始まった。